Os portugueses enfrentaram dificuldades nos baixios perto da foz do Amazonas, nos mangues das Guianas. Bucaneiros, mercadores e colonos franceses, holandeses, ingleses e irlandeses disputavam o acesso a essas áreas cooptando indígenas locais, aproveitando-se da imensa costa desprotegida do território espanhol. Como os espanhois da Venezuela não podiam defender toda a orla marítima até o Amazonas, tal incumbência também coube aos portugueses instalados em Belém, por determinação real de Filipe III.
Em 1615 as Cortes de Portugal alertaram Felipe IV da Espanha que feitorias e barcos estrangeiros proliferavam na foz do Amazonas. O Conselho de Estado espanhol respondeu determinando que os próprios portugueses combatessem essas invasões.
Em 1621 os reis filipinos dividiram o Brasil em duas partes: uma chamada Estado do Maranhão, que agrupava Maranhão, Ceará e Pará e cuja capital era a cidade de São Luís, e a outra que abarcava o resto, chamada Estado do Brasil, que permanecia com Salvador como a capital. O novo estado do Maranhão se subordinava diretamente ao reino, sob a justificativa de que a comunicação entre Salvador e São Luís, devido a correntes marítimas e regime de ventos no litoral nordestino na maior parte do ano era mais demorada do que entre São Luís e Lisboa.
Junto à foz do Orinoco, a partir do mar das Caraíbas os franceses atacavam a zona entre os rios Orinoco e Amazonas. De Caiena eles atacavam as frotas espanholas carregadas de prata que se dirigiam à Espanha. Também traficavam escravos africanos e faziam incursões até a foz do Amazonas. Para resistir a estes assaltos, a região foi dividida em capitanias e sesmarias foram distribuídas aos colonos. O Cabo do Norte, atual Amapá, foi uma capitania doada em 1637 por Felipe IV da Espanha por méritos conquistados, a Bento Maciel Parente, desbravador e militar português. No fim os estrangeiros ficariam apenas com territórios das regiões pantanosas das Guianas.
