Tão logo se tornou primeiro ministro de D. José I, o Marquês de Pombal que já tinha sido encarregado de comandar o lado português da comissão demarcadora das fronteiras na região norte do Brasil, transferiu essa função ao seu meio-irmão Francisco Xavier de Mendonça Furtado por ser de sua total confiança. Aproveitou-se também para nomeá-lo governador da província do Grão-Pará e Maranhão em 1751. Nessa época a capital dessa província tinha mudado de São Luís para Belém. Mendonça chamou literalmente a província que recebeu para governar de “cadáver” que precisava ser ressuscitado.
Pombal aspirava revitalizar e reordenar administrativamente a região amazônica e, por isso engajou seu meio-irmão nesse projeto, no qual desempenharia papel determinante. Deu-lhe poderes amplíssimos e ilimitados. Mas Furtado era colérico e intempestivo; mais causava problemas, como veremos, do que os resolvia.