Em 1772, D. José I ratificou os novos estatutos da Universidade de Coimbra. Nesse mesmo ano, foram criados o Museu Universitário, o Jardim Botânico, o Gabinete de Física Experimental e o Laboratório de Química Prática, antes inexistentes. Essa “reforma da instrução” foi responsável pela instituição do ensino das ciências naturais (Mineralogia, Química, Matemática) na Universidade de Coimbra. Como não havia no país professores suficientes que dominassem as ciências naturais, optou-se por buscá-los na Itália. Nos 20 anos posteriores à reforma, cerca de 430 brasileiros aí se formaram em Ciências, também em Medicina e Direito. Dentre eles encontram-se os primeiros que, voltando ao Brasil, iniciaram os estudos da flora, fauna, minerais e populações primitivas. Mais tarde, já com a reforma consolidada, a universidade passou a contar com quadros próprios. Nesse período, nas últimas décadas do século 18, alguns brasileiros como José Bonifácio de Andrada e Silva se tornaram professores de Coimbra, e não mais apenas aprendizes. José Bonifácio regeu a cátedra de Metalurgia, especialmente criada para ele. Tornou-se cientista de prestígio internacional, membro das principais sociedades científicas da Europa, certamente o maior expoente da geração de brasileiros que frequentou Coimbra. Além da Metalurgia, dominava as áreas de Mineralogia, Geologia, Química, Climatologia, Botânica, Silvicultura, Hidráulica e Obras Públicas.
Antes de Pombal, Portugal era um estado eclesiástico, devendo obediência ao poder da Igreja. Com Pombal, estabelece-se o poder absoluto do rei. Sob o efeito dessa mudança, os brasileiros que se graduavam nessa universidade reformada, quando voltavam, já traziam para o Brasil a nova mentalidade de cultura secular e de soberania do poder temporal dos reis, disseminando por aqui os germes da independência.
Os primeiros astrônomos e geógrafos brasileiros bacharelados em Coimbra e que fizeram pesquisas na colônia foram Francisco José de Lacerda e Almeida e Antônio Pires da Silva Pontes. Deles falaremos adiante.
